消化器外科では、臨床医学に直結し、先端医療を含めた臨床的および基礎的研究を中心に行っている。外科腫瘍学を基本に、消化器全般（食道、胃、十二指腸、小腸、大腸、肝、胆、膵、脾）、内視鏡外科的治療・集学的治療を中心とした治療成績向上のための臨床研究および手術侵襲の病態解明を行っている。とくに癌治療においては、集学的治療を目指し、化学療法に対する感受性の研究、テーラーメイド治療の探求、治癒過程における腫瘍増殖因子の役割、消化器癌発生における遺伝子的個体差（遺伝子多型性）の意義、食道・胃癌・大腸癌の遺伝子研究によるバイオマーカーの探索、肝癌発生の分子生物学的解明、膵癌転移機構の解明、などを行っている。

• 鏡視下手術（腹腔鏡・胸腔鏡・内視鏡）を用いた低侵襲手術を導入し、基礎的技術習熟のためのトレーニングシステムの構築及びその実践。

• 低侵襲手術の開発と実践。

• 重症感染や手術侵襲の病態解明やその治療研究

• 肝癌および膵癌に対するFNA細胞診断の正診率向上を目的とした、手術標本を用いたFNA細胞診断と分子生物学的手法による腫瘍マーカーの同定および定量による組織診断への応用。

• 消化器癌に対する化学療法の基礎・臨床研究と集学的・個別化治療法の研究

• 腸閉塞・腹膜炎など急性腹症に対する臨床研究

• 消化器癌の発癌機序の分子腫瘍学的解析とその予防・治療への応用

• 消化器癌の予後、化学療法の効果予測および耐性獲得予測に有用なバイオマーカー探索

• 消化器悪性腫瘍の病態の解明とその集学的治療法の研究

• ゲノム医療に関するprecision medicineの研究

臨床については、日本医科大学付属の４つの病院を中心に診療・教育・研究活動を行っています。各病院における活動については、以下のリンクより詳細がご覧になれます。